Στα χρόνια της βενετοκρατίας ο Ποταμός ονομάζεται Villa Grande (Μεγάλο Χωρίο) ή της Κεράς το Χωρίο.
Η πρώτη ονομασία έχει σχέση με το μέγεθος του χωριού και τον πληθυσμό, που ήταν μεγαλύτερος από άλλα χωριά.
Η δεύτερη ονομασία έχει σχέση με την πολιούχο του χωριού, την Παναγία Ιλαριώτισσα, η οποία συνδέθηκε άρρηκτα με την ιστορία του.
Παράλληλα όμως υπήρχε και η ονομασία Ποταμός, η οποία φαίνεται είναι η αρχαιότερη και τελικά επικράτησε. Έτσι ο Ποταμός, ένας από τους παλαιότερους οικισμούς των Κυθήρων, είναι από τα λίγα χωριά, που διατηρούν μέχρι σήμερα την παλιά ονομασία, που αναφέρεται το 12ο και 13ο αι. και οφείλεται προφανώς στα ρέματα, που δημιουργούνταν στην περιοχή εξ αιτίας των πολλών βροχοπτώσεων.
Εν τω μεταξύ ο Ποταμός είχε πολλές πολυμελείς οικογένειες, από τις οποίες καμιά δεν επεκράτησε πληθυσμιακά, ώστε να δώσει το όνομά της στο χωριό, όπως συνέβη σε άλλα χωριά των Κυθήρων, στα οποία ξεχάστηκε η παλιά ονομασία.
Στην περιοχή ΒΔ. του Ποταμού με την ονομασία Βύθουλας έχουν εντοπισθεί ίχνη κατοίκησης από την αρχαία εποχή. Συγκεκριμένα στη θέση του Αρχιστρατήγου έχουν βρεθεί αρχαίοι τάφοι, μυκηναϊκά ευρήματα και πιστεύεται ότι η περιοχή κατοικείται από την προϊστορική εποχή.
Από σπάραγμα παλαιοχριστιανικού ψηφιδωτού δαπέδου του 6ου αι. στο ναό του αγίου Ιωάννου του Προδρόμου Β. του Ποταμού, δίπλα στο σημερινό κοιμητήριο, φαίνεται ότι η περιοχή κατοικείται κατά τη βυζαντινή περίοδο και μάλιστα κατά την εποχή του Ιουστινιανού. Η ευρύτερη περιοχή Β.Δ. του Ποταμού ονομάζεται Πενταγιοί και παρουσιάζει εξαιρετικό ιστορικό και αρχαιολογικό ενδιαφέρον. Η ονομασία Πενταγιοί σημαίνει την ύπαρξη 5 ναών αγίων, ανάμεσα στους οποίους είναι και ο άγιος Ιωάννης. Οι άλλοι 4 ναοί θα πρέπει να ήταν του Σωτήρα στο Κοιμητήριο, του αγίου Ηλία, του αγίου Στεφάνου και του αγίου Νικολάου. Του αγίου Κων/νου μάλλον προστέθηκε αργότερα και δεν συμπεριλαμβανόταν στην αρχική λίστα. Το τοπωνύμιο είναι γνωστό από το 14ο αι., από τη διανομή των φεουδαρχών Βενιέρων ως Penti agius. Ο Βύθουλας, που αλλιώς ονομαζόταν Τσαγκάρι είχε συστηματική κατοίκηση κατά το 1583, κατά την εποχή που έκανε την περίφημη απογραφή ο Κρητικός λογιστής Πέτρος Καστροφύλακας.
Σε ανώνυμο χρονικό περί Κυθήρων του 16ου αι. αναφέρεται ότι ο Παύλος Ευδαιμονογιάννης από τη Μονεμβασιά, που διαδέχθηκε το Γεώργιο Παχύ στην κυριαρχία των Κυθήρων, εγκαταστάθηκε στον Ποταμό και το 12ο αι. έχτισε Πύργο, τα ερείπια του οποίου σώζονταν το 16ο αι. σε πευκόφυτο λόφο κοντά στον οικισμό του Ποταμού. Εξ άλλου σύμφωνα με έγγραφη αναφορά κατά το 1545 του Βενετού Προνοητή Τζ. Σοπεράντσο, το 1245 χτίστηκε στη θέση της σημερινής πλατείας του χωριού ένα Πύργος, στον οποίο φυλάσσονταν τα αρχεία του τόπου και από αυτόν έλαβε το όνομα Πύργος η περιοχή.
Μετά την Ένωση ο Πύργος χρησίμευε σαν δημαρχιακό κατάστημα. Στη δεκαετία του ΄30 χτίστηκε το νέο μεγαλοπρεπές κοινοτικό μέγαρο και τα τελευταία λείψανα του Πύργου κατεδαφίστηκαν το 1932. Έτσι σύμφωνα με τις πηγές πιθανότατα να υπήρχαν δύο Πύργοι, ένας στο κέντρο του σημερινού οικισμού και ο δεύτερος σε λόφο κοντά στον Ποταμό. Εάν υπήρξε ο δεύτερος διότι για τον πρώτο είμαστε απόλυτα βέβαιοι, εφόσον γνωρίζομε το χρονικό της κατεδάφισής του, τότε πιθανότερο είναι αυτός ο δεύτερος να ήταν ο Πύργος του Ευδαιμονογιάννη.
Επί Ενετοκρατίας ο Ποταμός με την ευρύτερη περιοχή αποτελούσε ξεχωριστό διαμέρισμα, το οποίο στις περισσότερες απογραφές του 18ου αι. συγκεντρώνει τους περισσότερους κατοίκους. Ιδιαίτερα μετά τα Ορλωφικά του 1770 ο πληθυσμός αυξήθηκε με του Μωραϊτες πρόσφυγες, που ζήτησαν καταφύγιο στα Κύθηρα. Έτσι το 1724 ο πληθυσμός του Διαμερίσματος Ποταμού είναι 1248, ενώ το 1788 είναι 2340.
Οι ενορίες του Ποταμού κατά το 18ο αι. ήσαν 7: της Ιλαριώτισσας, του Παντοκράτορα, της αγίας Τριάδας, της Παντάνασσας στα Φαρδουλιάνικα, του αγίου Γεωργίου στα Φαρδουλιάνικα, του αγίου Ιωάννου στα Κορωνιάνικα και των αγίων Αναργύρων στα Παναρετιάνικα, με σύνολο ενοριτών 1077 άτομα κατά την απογραφή του 1788. Το 1781 οι Κυθηριοι ξεσηκώθηκαν εναντίον του Βενετού Προνοητή Πέτρου Μαρτσέλου, ο οποίος είχε μεταβεί στον Ποταμό. Ο λαός μην αντέχοντας τις αδικίες πολιόρκησε το καταλυμά του.
Επί Αγγλικής Προστασίας στον Ποταμό λειτούργησε αλληλοδιδακτικό σχολείο αρρένων από το 1824. Οι μαθητές που φοιτούν το 1827 είναι 181, πολλοί από τους οποίους είναι πρόσφυγες, που κατέφυγαν στα Κύθηρα με την Ελληνική επανάσταση. Το 1826 ο Frank Marcet, φιλέλληνας περιηγητής, πέρασε από τα Κύθηρα και έγραψε στο ημερολόγιό του «..περνώντας από τον Ποταμό, μια μικρή όμορφη πόλη, στην οποία κατοικούν κυρίως Μανιάτες και Κρητικοί πρόσφυγες, που κατάφεραν να γλυτώσουν από τις Τουρκικές ωμότητες…»
Άλλοι περιηγητές του 19ου αι. αναφέρουν τον Ποταμό ως ένα καλοχτισμένο χωριό και εξαίρουν την εργατικότητα των γυναικών, τα χέρια των οποίων «..υφαίνουν εξαίσια πράγματα..»
Το 1878 με τη βοήθεια του στρατηγού Πάνου Κορωναίου, βουλευτή τότε, ιδρύθηκε το Ελληνικό Σχολείο Ποταμού. Την ίδια περίοδο ιδρύθη και Παρθεναγωγείο. Στη δεκαετία του 1920 ανηγέρθη νέο σχολείο, το «Δηλαβέρειο» που χρηματοδοτήθηκε από τον Κυθήριο ευεργέτη Ευστάθιο Δηλαβέρη και στέγασε το Δημοτικό Σχολείο. Το παλιό αλληλοδιδακτικό της Αγγλοκρατίας στέγασε το Ημιγυμνάσιο και κατόπιν το Αστικό λεγόμενο Σχολείο.
Με την Ένωση της Επτανήσου ο Ποταμός έγινε η έδρα του Δήμου Ποταμίων, ενώ το 1912, με την κατάργηση των δήμων, έγινε μια από τις 14 Κοινότητες των Κυθήρων. Σ΄αυτό το διάστημα, από το 1864 μέχρι το 1912 διετέλεσαν δήμαρχοι οι Π. Κατσούλης, ο Γεώργιος Αρώνης-Παναγιωτόπουλος, βουλευτής στην Ιόνιο και στην Ελληνική Βουλή, ο Αντώνιος Ζαγλανίκης, ο Κοσμάς Πανάρετος, επί 32 χρόνια βουλευτής στην Ιόνιο και στην Ελληνική Βουλή, ο Γρηγόριος Τσιτσίλιας, ο Παναγιώτης Τσιτσίλιας και τελευταίος ο Μιχαήλ Μεγαλοκονόμος.
Αυτό το διάστημα ο Ποταμός διέγραψε μια λαμπρή πορεία και αναπτύχθηκε οικονομικά. Το 1917 ο Ποταμός έγινε η έδρα της Αυτόνομης Διοίκησης των Κυθήρων. Το 1931 άρχισε η ανοικοδόμηση του νέου μεγαλοπρεπούς Kοινοτικού Mεγάρου στη θέση του παλαιού, το οποίο ήταν απομεινάρι του Πύργου.
